腸内細菌はさまざまな代謝作用を介して我々の健康に大きな影響を及ぼしている。腐敗産物（アンモニア、硫化水素、アミン、フェノール、インドールなど）、細菌毒素、および発がん物質（ニトロソ化合物、エポキシド体など）の産生や、胆汁酸代謝（一次胆汁酸から二次胆汁酸への変換、抱合胆汁酸の脱抱合など）が過度になると、生体に障害を与える。一方で、酢酸、プロピオン酸、および酪酸などの短鎖脂肪酸を含む有機酸やビタミン（例えばビフィズス菌ではB₂、B₆、B₁₂、C、葉酸など）の産生は、我々の健康維持に重要である。