発酵食品は「微生物の望ましい増殖と食品成分の酵素的変換によって作られる食品」と解釈されている。多様な発酵基材とこれを発酵させる微生物との組み合わせを有する数多くの発酵食品が世界中に存在する。我々は発酵食品を摂取することにより、同時にそれに含まれている発酵微生物をも摂取することが多い。そういうこともあってか、「発酵食品はプロバイオティクスではないのか？」と聞かれることがあるが、基本的に答えは「No」である。