現在、プレバイオティクスは、「これを摂取したときに、健康上の利益をもたらす宿主微生物によって選択的に利用される基質」と理解されている。より狭義には、「腸内微生物により資化され、腸内細菌叢の組成や代謝を変化させることによりヒトの健康に有益な作用を及ぼす難消化性の多糖類」との解釈が一般的である。